微型真空泵的基本原理：電機的圓周運動，通過機械裝置使泵內部的隔膜做往復式運動，從而對固定容積的泵腔內的空氣進行壓縮、拉伸形成真空（負壓），在泵抽氣口處與外界大氣壓產生壓力差，在壓力差的作用下，將氣體壓（吸）入泵腔，再從排氣口排出。

將一個密閉容器（開始時，內部是常壓100KPa），接上微型真空泵，對它進行持續抽氣，最后密閉容器內的氣體壓力就會低于大氣壓，達到60KPa的絕對壓力。不但如此，經過特殊的技術改進，除了單抽氣的微型真空泵外，還可以形成抽氣打氣兩用的微型真空泵(即排氣端可以產生比較大的正壓)，用于增壓、充氣、克服系統阻力等等以及非常獨特的水氣兩用微型真空泵，它可以用于需要長期空轉、干轉等等場合，不像一般的水泵空轉，或者干轉就會損壞泵。

正因為抽氣口處或者抽排氣口可以與外界大氣形成壓力差，同時不像大型真空泵需要潤滑油和真空泵油，不會污染工作介質，而且具有體積小巧、噪音低、免維護，可以連續24小時運轉等優點，所以微型真空泵被作為動力裝置，廣泛用于氣體采樣、氣體循環、真空吸附、加速過濾、汽車真空助力等等場合，在醫療、衛生、科研、環保等領域得到了廣泛的應用。